ولد مصطفى بن عامر في مدينة بنغازي في العام 1908 وتلقى تعليمه الأول في كتاتيبها ثم غادرها مهاجراً عام 1920 إلى مصر، وأقام فيها حيث كان يقيم والده المجاهد ”عبد الله بن عامر” الذي توفي في بنغازي في العام 1956 وهو أحد رفاق السيد أحمد الشريف طيلة سنوات نضاله ضد الفرنسيين والإيطاليين.

وقد درس الشيخ مصطفى بن عامر في الجامع الأزهر ونال منه درجة العالمية ثم تابع دراسته في كلية الآداب بجامعة فؤاد في القاهرة وتحصل منها على درجة الليسانس في يوليو في العام 1941، ثم عاد إلى وطنه ليبيا في العام 1943 ليعمل مفتشاً في إدارة معارف برقة.

ويعتبر الاستاذ مصطفى بن عامر من مؤسسي جمعية عمر المختار عقب وفاة ”أسعد عرابي بن عمران” الذي كان أحد أفراد الجيش السنوسي وكان قد شرع في الكيلو 9 مقر الجيش السنوسي بمصر في تأسيس نواة جمعية عمر المختار وتوفى عام 1942.

واصل الشيخ بن عامر بعد وفاة أسعد بن عمران مع نفر من زملائه الوطنيين ومنهم محمود مخلوف وعلي فلاق والمهدي المطردي الإستمرار في تكوين الجمعية في مدينة بنغازي العام 1943 وصار رئيساً لقسمها الثقافي ثم رئيساً لمركزها العام، فنشأت عدة فروع للجمعية، وأسهمت في العمل الوطني والرياضي والفكري والتطوعي.

أشرف الأستاذ مصطفى بن عامر رحمه الله على إصدار مجلتي برقة الرياضية وعمر المختار وجريدة الوطن، وأسهم في تأسيس المدارس الليلية التطوعية في تلك الفترة مع الراحلين محمد العالم حويو ومحمود مبارك الشريف وغيرهم من رجال العمل التطوعي في جمعية عمر المختار وخارجها.

رشح مصطفى بن عامر نائباً في مجلس نواب برقة عن إحدى الدوائر الانتخابية في مدينة بنغازي في العام 1950 وبعد إغلاق الجمعية ومصادرة صحيفتها ومنع نشاطها في يوليو 1951 سجن مع زملائه بالجمعية، وهم أحمد رفيق المهدوي وعلي ازواوة ومحمود مخلوف وبشير المغيربي وطاهر المجريسي.

أصدر بن عامر مجلة ليبيا في العام 1951 واستمر في إصدارها عقب خروجه من السجن حتى بلغت أعدادها ثلاثة عشر حتى العام 1953، أسس بعدها المطبعة الأهلية في بنغازي التي كانت مصدر رزقه الوحيد والتي أحرقها الطاغية وأعوانه في العام 1975، ومنع من المشاركة في الإنتخابات التي جرت أواخر عام 1964.

توفي بن عامر رحمه الله بمدينة بنغازي مساء الأربعاء الموافق للعاشر من يناير 1990 وفي موقف مشهود رفضت أسرته قبول مبلغ مالي أرسله إليها النظام السابق خلال أيام المأتم.